Mega Man: The Wily Wars es un tÃtulo co-creado entre Capcom y SEGA, gracias a lo cual este videojuego solo salió para su consola exclusiva, Sega Mega Drive. Por tanto, el remake resultó en una re-adaptación en 16-bits con una velocidad de 60 Hercios en la región NTSC. Sin embargo, la versión europea que utiliza la Sega Mega Drive solo corre a 50 Hertz por la región PAL, causando varias y severas ralentizaciones en la velocidad, sonido y efectos del videojuego.