El videojuego está basado en un manga creado por Go Nagai. Situado en un universo diferente de la historia original de Mazinger, la historia comienza en el año 1999 dC, cuando Dios Kaiser infierno comenzó una invasión total para controlar la Tierra usando poderosos gigantes conocidos como 'Bio' Bestias. Mazinger Z en Mazin Saga es en realidad un traje de armadura en lugar de un robot. Esta armadura tiene la capacidad de transformarse en una versión gigante de sà mismo, lo que permite Mazinger Z para luchar las Bestias Bio.