Mega Man Zero 2, conocido en Japón como Rockman Zero 2, es un videojuego creado por Keiji Inafune, desarrollado por Inti Creates, distribuida por la compañía Capcom para la consola Game Boy Advance en 2 de Mayo del año 2003 solo en Japón.
Un año después de haber derrotado Copy X, Zero ha pasado su tiempo vagando el desierto, peleando solo contra Neo Arcadia y derrotando ola tras ola de Pantheons. Fatigosamente se abre camino a través de una tormenta de arena envuelto en una capa. A medida que la tormenta cesa, aparecen Pantheons persiguiéndolo. A pesar de estar en mal estado, con su armadura y armas dañadas, una vez más se lanza al ataque. Justo cuando Zero finalmente colapsa por agotamiento después de derrotar a un jefe de escorpión mecánico, Harpuia aparece frente a él y lo devuelve a la base de la Resistencia donde es reparado. Zero es informado por el nuevo general, Elpizo, que la Resistencia prepara un ataque final contra Neo Arcadia aprovechando la ausencia de un líder. Sin embargo, Zero no cree que la situación se resuelva tan fácilmente, pero acepta ayudar en una serie de misiones.