El juego posee 13 misiones, cada una de ellas enfocada en uno de los enemigos principales de la serie:
Misión 1: Sachiel
Misión 2: Shamshel
Misión 3: Ramiel
Misión 4: Jet Alone
Misión 5: Israphel
Misión 6: Sandalphon
Misión 7: Sahaquiel
Misión 8: Bardiel
Misión 9: Zeruel
Misión 10: Arael
Misión 11: Tabris
Misión 12: Fuerzas militares/EVA's MP
Misión 13: EVA's MP