El juego sigue principalmente elementos de acción de desplazamiento lateral. En varios momentos de la historia, los jugadores pueden hacer una elección directa acerca de cuál es el camino que toman (en cada caso, los caminos vuelven a reunirse en el siguiente capítulo). Cada elección que el jugador hace que los resultados en un final único, lo que significa más de 20 finales diferentes están disponibles. Un selecto pocas terminaciones se clasifican como terminaciones exitosas, mientras que todos los demás dan lugar a resultados negativos para la ciudad de Metropia y presentan el jugador con el mensaje "inténtelo de nuevo".
Phantom 2040 tiene un fuerte énfasis en la exploración. Es hasta el jugador para localizar las zonas objetivo o salida, y cada zona ofrece áreas opcionales con los kits de restauración o mejoras de armas. Algunas zonas están cerradas por puertas numeradas que se deben abrir al destruir el bloqueo remoto de la misma serie, que se encuentra en otro lugar en esa zona (además, algunas cerraduras sólo se puede acceder si el área es alcanzado por una red subterránea secreta de los sistemas de alcantarillado que conectan todas las áreas). El objetivo del área puede incluir la localización de una tarjeta de acceso, se trata de un jefe o simplemente encontrar el acceso a la siguiente zona. La mayoría de las zonas se pueden todos ser revisada en el ocio del jugador en cualquier momento después de que se desbloquean.