La historia sigue a algunos de los principales puntos de la trama de la película Stargate, sino que también crea muchas nuevas historias de lado. El juego comienza en los desiertos de Abydos poco después del equipo de la misión ha aterrizado utilizando la puerta estelar. La misión es recoger muestras y luego regresar a la Tierra, pero el coronel Jack O'Neil también ha traído en secreto a lo largo de una bomba nuclear para sellar la puerta estelar si el equipo de la misión descubre una amenaza. Una tormenta de arena ha separado Coronel O'Neil de su equipo de la misión, y la bomba que ha traído consigo no se encuentra. Daniel Jackson, el especialista en Egiptología del equipo de la misión, le informa de que el campo base del equipo fue atacado por Ra. Los habitantes locales de Abydos, la Nagadans, han ayudado al equipo a escapar del ataque, pero los suministros se han quedado atrás en cuevas. O'Neil tendrá que encontrar las fuentes, la bomba, y siete jeroglíficos egipcios dispersos en toda la zona, el último necesario para trabajar la puerta estelar y obtener sus hombres a casa.