Shadowrun ofrece al jugador un estilo de juego abierto, donde uno controla al personaje principal, Joshua, en perspectiva en tercera persona durante la exploración y el combate. Las batallas son en tiempo real, y aunque de dificultad variable, tienden a ser relativamente cortas. Inicialmente, el jugador está restringido a una sola área del juego, pero en breve obtiene acceso a casi todas las demás áreas. El acceso a otras áreas se realiza principalmente en taxi, aunque también existen diversas restricciones y otros modos de viaje, como requerir una visa o eludir el control de la visa con el uso de un helicóptero.
Como en la mayoría de los videojuegos de rol, las habilidades y los atributos de los personajes se pueden mejorar. Sin embargo, Shadowrun usa un sistema único "Karma", que permite la personalización completa de los personajes. El karma, más o menos equivalente a la experiencia, se obtiene al completar con éxito una carrera, matar suficientes enemigos o avanzar en la trama del juego. El karma se gasta en estadísticas específicas según lo determine el jugador. Para ganar dinero y Karma, el jugador debe participar en shadowcrums, trabajos ilegales provistos por contratistas pseudoanónimos que, dentro de los límites legales de su trabajo, se conocen simplemente como el Sr. Johnson. El Sr. Johnsons por lo general son enlaces corporativos que desean que se haga el trabajo sucio de sus jefes sin comprometerlos. Todos los Sr. Johnson trabajan en puestos de trastienda en diferentes clubes y bares de la ciudad. Dependiendo de Johnson, ofrecerán
aleatoriamente diferentes tipos de trabajos como asaltar lugares de reunión de pandillas, búsqueda y recuperación, extracciones, misiones de mensajería, cacería de ghoul o corridas de Matrix. Cada misión variará en los detalles para cumplir con los requisitos y la ubicación, como la sede central de Megacorp o incluso el edificio principal de LoneStar. Diferentes Sr. Johnson tienen diferentes niveles de dificultad y pagan por sus trabajos, que pueden verse influenciados por la estadística de negociación del jugador. (Nota: en este juego, el término "Mr. Johnson" se usa donde se usaría la palabra "fijador" en el juego de mesa. En el juego de mesa, el jugador conocería el manejo de su fijador pero el cliente real se mantendría anónimo, de ahí el "Sr. Johnson". En este videojuego, los arregladores son conocidos tanto por sus asas como por "el Sr. Johnson", al tiempo que revelan los nombres de los clientes al jugador.)