Al igual que el original, el juego consiste en un súper héroe humano que corre y vuela hacia un fondo para siempre distante sobre un terreno de tablero de ajedrez de estilo. El jugador puede golpear a cualquiera de los botones del controlador para hacer que el personaje de Space Harrier de disparar su gran cañón láser (cuatro disparos a la vez). También hay una opción para activar el auto-fuego en el menú del juego. A medida que el campo de juego se mueve hacia adelante, enemigos vienen desde atrás y desde la distancia para atacar el carácter, ya sea por el disparo de un proyectil o tratando de chocar con él. El jugador también debe esquivar objetos grandes en su camino, algunos de los cuales pueden ser destruidos, como los árboles, y otros que no pueden ser, como columnas iónicas y pilones. Un golpe de un enemigo o un accidente en estos objetos de gran tamaño hará que el jugador pierda una vida. Los objetos más pequeños, como el follaje, sólo causarán el carácter para disparar; sin embargo, esto lo deja vulnerable al ataque por dos segundos.

Hay un total de 12 etapas, cada una con su propio jefe final. Una etapa por lo general se compone de diferentes paisajes (objetos pequeños en comparación con objetos de gran tamaño), y también puede avanzar a diferentes velocidades (lenta vs rápido). Algunas etapas, como stuna la zona, tienen un jefe de nivel medio que puede ser fácilmente derrotado. Aunque el jugador puede seleccionar cualquiera de las etapas para iniciar el juego a, los doce niveles deben ser completados antes de pasar a la etapa final del capítulo. Es aquí donde el jugador debe derrotar a todos los principales jefes otra vez, y luego luchar contra el Harrier oscuro.

Los enemigos se mueven en la pantalla en grupos uniformes. Un tono de señal se juega para alertar al jugador que hay un enemigo no estacionario ahora en el campo de juego. En muchos casos, los enemigos se mueven en una línea recta a lo largo de un camino predeterminado, pseudo-tridimensional. Oleadas de enemigos a menudo vienen en pares: un grupo vendrá de la izquierda en la distancia o el primer plano, seguido por el mismo tipo y la misma cantidad de enemigos que vienen desde la derecha. Debido a la incapacidad de la Mega Drive para escalar sprites, enemigo, paisaje, y los sprites de sombra son pre-renderizados en diferentes tamaños.