1996. Con Rugal muerto, su organización desmantelada y muchos misterios por resolver, varios personajes que fueron integrantes de KOF '95 reciben una invitación a la nueva edición del torneo sin remitente ni explicación alguna. Mientras tanto, Kyo Kusanagi es humillado en un combate del cual sale muy mal herido, a la vez que Iori Yagami recibe la visita e invitación al torneo por parte de las secretarias de Rugal, quien se supone está muerto. Pero si Rugal fue consumido por el poder oscuro, ¿quién organiza el torneo esta vez?