La historia empieza con la detonación nuclear de un artefacto no identificado en Los Álamos, Nuevo México. De la explosión se desprendió una pieza del artefacto dividiéndose en tres partes. En Calcuta, capital del estado indio de Bengala Occidental, un desconocido llamado Larson, desde su suite en el Hotel Imperial, envía un mensaje para concertar una cita con la célebre arqueóloga británica Lara Croft.

Jacqueline Natla, Presidenta de una Corporación Dermoestética, se entrevista con Lara para ofrecerle la oportunidad de recuperar un antiguo artefacto llamado el Scion, Lara acepta el trabajo. Su primera misión comienza en Perú. Lara se adentra en la mítica "Ciudad de Vilcabamba", una antigua ciudad Inca, para encontrar la primera pieza del Scion, localizada en la tumba de Qualopec; un Dios del continente perdido, La Atlántida, cuya tumba se encuentra en la misma ciudad. Pero Lara pronto descubre que todo ha sido una trampa de Natla y que una vez que encuentre los artefactos, esta decidirá matarla. Larson le dice a Lara que Natla ha enviado a Pierre para encontrar las otras dos piezas del Scion en el Monasterio de St. Francis en Grecia. Después de eso, Larson buscará a Lara para matarla, y quitarle la preciada pieza del Scion. Después Lara encuentra la segunda pieza y ve un jeroglífico sobre cómo unir las piezas entonces las une y ve un sueño sobre Atlantis. Descubre que la tercera parte está en la Ciudad de Khamoon en Egipto. Lara encuentra la tercera parte, pero dos mercenarios de Natla le roban sus armas y las partes del Scion. Lara consigue escapar y sigue la pista hasta la ciudad perdida de la Atlántida, donde se desencadena la lucha final entre Lara y Natla.
El juego